Il museo conserva le principali testimonianze storiche e archeologiche della città fondata dall’imperatore Traiano, con la funzione di porto di Roma, ruolo che è svolto tuttora, e custodisce reperti provenienti dal territorio, sia dai siti del litorale costiero, sia dai Monti della Tolfa. l Museo Archeologico Nazionale di Civitavecchia presenta attualmente un percorso articolato su due piani, con testimonianze a partire dagli albori della civiltà, per tutta l'età antica, fino al medioevo.

Al piano terra tra i reperti di maggiore interesse è esposta la statua del dio Apollo (I sec. d.C.), rinvenuta durante gli scavi nella villa Simonetti di Santa Marinella, antica residenza estiva del giurista romano Eneo Domizio Ulpiano. Molto probabilmente si tratta di una riproduzione del Colosso di Rodi.

Di particolare importanza anche una riproduzione dell'Athena Parthenos di Fidia, risalente alla metà del II sec. d. C. e alcune teste marmoree, tra le quali una raffigurante l'imperatore Marco Aurelio da giovane. Al piano terra è possibile anche visitare una Sala Epigrafica, che ospita oltre alle magnifiche epigrafi romane della Flotta imperiale.