Una volta arrivati all’interno del Borgo del Castello occorre entrare nella parte più interna, affacciata direttamente sul mare per raggiungere il piazzale della Rocca e poter vedere ciò che emerso grazie agli scavi della chiesa paleocristiana.

La parte attualmente visibile si trova in corrispondenza dell’angolo a sinistra del piazzale, sotto una tettoia posizionata a protezione delle strutture.

La chiesa, suddivisa in tre navate, risale al V-VI secolo. Già in origine era un edificio in parte sotterraneo che si appoggiava alle mura poligonali poste al di sotto del fabbricato chiamato Casa della legnaia. Nella parte scavata, circa la metà della chiesa, sono visibili l’abside, con tracce di affreschi, frammenti di colonne ancora in piedi e la vasca battesimale nella navata destra. La chiesa, in funzione fino alla metà circa del XIV secolo, fu abbandonata forse in seguito a un incendio e quindi, dopo lo spoglio dei materiali più pregiati, completamente interrata e dimenticata. Intorno a quest’area gli scavi hanno portato alla scoperta di un vasto cimitero medievale con centinaia di sepolture. Gli studi condotti dal Dipartimento di biologia dell’Università di Tor Vergata hanno permesso di ricostruire uno spaccato molto interessante della popolazione del castello tra il XIII e il XIV secolo. I materiali ritrovati durante lo scavo sono esposti nel “Museo del Castello di Santa Severa” allestito all’interno della Rocca.