La chiesa è sede della Arciconfraternita del Gonfalone, fondata da San Bonaventura nel 1274. La tradizione vuole che San Bonaventura, prima di imbarcarsi per Lione, passasse a Civitavecchia dove, fondò una confraternita.

I confratelli, desiderosi di creare una propria chiesa richiesero nel 1688 all'Ordinario di Civitavecchia Brancacci, la Chiesa della Stella, che a loro spese ingrandirono e decorarono. Tra le varie opere d'arte di rilievo che potete ammirare all'interno della chiesa, figura una preziosa statua in legno della Vergine Maria. Nel tabernacolo sopra l’altare, è conservata la statua della Madonna delle Grazie, che da alcuni anni, ogni 8 settembre è protagonista di una solenne processione tra le vie del centro e le calate del porto storico.

All'interno è possibile ammirare il pregevole crocifisso ligneo del Cristo Morto. Ogni anno per le strade di Civitavecchia il Venerdì Santo si assiste alla suggestiva Processione del Cristo Morto, una processione con origini antichissime, durante la quale questa scultura viene trasportata su un carro addobbato ed illuminato dai Confratelli del Gonfalone vestiti in saio bianco e con il volto coperto.